மிஷன் இயக்கத்தின் நடைமுறைச் சிக்கல் என்பது அதற்குள் பணியாற்றும் மிஷனரிகளுக்கு இடையேயான கருத்து வேறுபாடு மற்றும் வெளிப்புற சவால்கள் ஆகியவற்றை குறிக்கிறது. மதுரை மிஷன் எதிர் கொண்ட உள்மோதல்கள் என்பது, உளளுர் பழக்கவழக்கங்களை, குறிப்பாக பிராமணிய நடைமுறைகளை ஏற்றுக்கொள்வது தொடர்பாக மிஷனரிகளிடையே நிலவிய கருத்துவேறுபாடுகள் ஆகும். வெளிப்புற எதிர்ப்பு என்பது, மிஷனின் இருப்பு மற்றும் செல்வாக்கை எதிர்த்த பல்வேறு குழுக்களின் அச்சுறுத்தல் களை மற்றும் எதிர்ப்பை குறிக்கிறது. டிநோபிலி, பிராமணர்களின் செல்வாக்கைப் பெறுவதற்காக பிராமணராக மாறுவேடமிட்ட யுத்தி ஆரம்பத்திலேயே இந்து பிராமணர்களின் எதிர்ப்பைச் சம்பாதித்தது. உயர் சாதியைச் சேர்ந்த பலர், இந்துக்கள் கிறிஸ்தவ மதத்திற்கு மாறுவதை கடுமையாக எதிர்த்தனர், இது மிஷனுக்கு உள்ளேயும் வெளியேயும் எதிர்ப்பை உருவாக்கியது
உள் அணுகுமுறைகளின் முரண்பாடுகள்:
மதுரைமிஷன், பிராமணிய பழக்கவழக்கங்கள் தொடர்பான டிநோபிலியின் ‘இணக்கக் கொள்கை’யுடன் உடன்படாத பிற மிஷனரிகளிடமிருந்து, குறிப்பாக பெர்னாண்டஸிடமிருந்து எதிர்ப்பைச் சந்தித்தது. பெர்னாண்டஸ{ம் மற்றவர்களும் நோபிலியின் பிராமணிய நடைமுறை களை ஒரு புறமத வடிவமாகக் கண்டனர். மேலும் கிறிஸ்தவத்தை உள்ளுர் பழக்கவழக்கங் களுக்கு ஏற்றபடி மாற்றியமைத்த நோபிலியின் அணுகுமுறையை தீவிரமாக நிராகரித்தனர். இந்த உட்பூசல் பல விசாரணைகளுக்கு வழிவகுத்தது. சில மிஷனரி குழுக்களுடன் நோபிலிக்கு மோதல் இருந்திருக்கலாம் எனத் தெரிகிறது. மதுரை மிஷனானது, மதுரை நாயக்கர் இராஜ்ஜி யத்தின் பகுதியில் செயல்பட்டது. மதுரை மிஷனின் பணி, குறிப்பாக தாழ்த்தப்பட்ட சாதியினரை மதம் மாற்றுவதில் கவனம் செலுத்துவது என்பதால் இந்தப் பகுதியில் சமூக மற்றும் அரசியல் பதட்டங்கள் உருவாயின. நாயக்கர்களுக்கும் மைசூர் இராஜ்ஜியத்திற்கும் இடையே ஏற்பட்ட மோதலால், மிஷனின் செயல்பாடுகள் சீர்குலைந்தன.
உமிழ்நீரைக் கொண்டு தொட்டுவிட்டால் ஒருவர் தனது உயர்சாதி அந்தஸ்தை இழந்துவிடுவார் என்ற நம்பிக்கை மதமாறிய உயர்சாதி கிறிஸ்தவர்களிடையே குழப்பத்தை ஏற்படுத்தியது. இதன் காரணமாக பிராமண கிறிஸ்தவர்களில் 14பேர் தேவாலயம் வருவதை நிறுத்தினர். எனினும் நோபிலிக்கு மதிப்பளித்து தேவாலய வெளிவாயில் வரை வர சம்மதித்தனர். இதன் காரணமாக தனது குடியிருப்புக்கு அருகில் ஒரு தனி தேவாலயம் கட்ட நோபிலி முடிவு செய்தார்.
நோபிலி அனுமதித்து, கிறிஸ்தவர்கள் ஏற்றுக்கொள்ளாத நடைமுறைகள்:
1. மறுபடிப் பிறப்பதன் அடையாளமாக, பூணூலை இடது தோள்பட்டையில் அணிந்து கொள்ள
அனுமதித்தார்.
2. திருநீறு, குங்குமத்திற்கு பதில் சந்தனம் பன்படுத்த அனுமதித்தார்.
3. பிராமணர்களால் வளர்க்கப்படும் புனித முடியான குடுமியை அனுமதித்தார்.
4. சுலோகங்கள், கிறிஸ்தவ க்ரீட் ஆகியவற்றில் மாற்றங்களை ஏற்படுத்தினார்.
5. மதம்மாறிய கிறிஸ்தவர்கள் புனித நீராடுவதை அவர் தடை செய்யவில்லை.
6. மோதிரம் மாற்றுவதை நீக்கி, தாலியை திருமணத்தின் அடையாளமாக்கினார்.
கி.பி.1608ம் ஆண்டு, நோபிலி மீதான சந்தேகங்கள் தீரும்வரை, பிராமணர்களுக்கு அவர் ஞானஸ்நானம் கொடுக்க தடை விதிக்கப்பட்டது. குற்றம் சாட்டப்பட்டதால் கவனமாக செயல்பட்ட நோபிலி, மாகாண அதிகாரிகளுடன் ஆலோசனை செய்து, அவர்கள் உதவியுடன், பேராயர் ரோஸிடமிருந்து தன்னை பாதுகாத்துக் கொண்டார். நோபிலியின் பெரும்பாலான மாற்றங்கள் அனைத்தும் கிழக்கின் முதன்மை பிஷப்பான மெனிசஸின் அனுமதியின்றி செய்யப்படவில்லை.
வெளிப்புற சவால்கள்:>
மதுரைமிஷன் ஏராளமான வெளிப்புற சவால்களையும் எதிர்கொண்டது. வரலாற்று ரீதியாக, மிஷன் பிரதேசமானது, பல்வேறு அரசியல் நிறுவனங்களால் அச்சுறுத்தப்பட்டிருந்தது. மராட்டியர்கள், மைசூர் இராஜ்ஜியம், டெக்கான் சுல்தான்கள், முகலாய இராணுவம் போன்ற இவர்கள் அனைவரும் மதுரை நாயக்கர் இராஜ்ஜியத்துடன் மோதல்களில் ஈடுபட்டனர். மதுரைமிஷன், மதுரை நாயக்கர் இராஜ்ஜியத்தின்; ஆதரவை நம்பியிருந்ததால் இவர்களால் பாதிக்கப்பட்டது. கூடுதலாக, பிரிட்டிஷார் மற்றும் பிரெஞ்சுக்காரர்கள் இப்பகுதியின் மீது கட்டுப்பாட்டைப் பெற போட்டியிட்டதால் முற்றுகைகள் மற்றும் மோதல்கள் தொடர்ந்தன.
இவ்விதமான வெளி மற்றும் உள் அழுத்தங்கள் மதுரை மிஷனுக்கு, அதன் வரலாறு முழுவதும் சிக்கலான மற்றும் சவாலான சூழலை உருவாக்கின. அடுத்த 12 ஆண்டுகளில் டி நோபிலி, தனது மூன்று மிஷன்-எதிரிகளான பிமென்டா, பெர்னாண்டஸ், பிரான்சிஸ்கோ ஆகியோரை எதிர்கொள்ள நேர்ந்தது. மதுரை மிஷன் கி.பி. 1606 - 1773 காலகட்டத்தில் ‘பழைய மதுரை மிஷன்’ என்றும் கி.பி. 1937 - 1952 காலகட்டத்தில் ‘புதிய மதுரை மிஷன்’ என்றும் மறுசீரமைக்கப்பட்டது.